En diciembre de 1969, mientras Omar Torrijos se encontraba de visita en México, un grupo de militares le prohíbe el regreso a Panamá. Pero a los pocos días el avión de Torrijos, con el apoyo de otros oficiales del cuerpo armado, entre los que se encontraba Manuel Antonio Noriega, logró regresar al país y destituir a los golpistas.

Acto seguido fue nombrado jefe del Servicio de Inteligencia panameño, por su contribución a evitar el levantamiento. Ya para entonces Noriega colabora con la Agencia Central de Inteligencia estadounidense (CIA), de la que recibe pagos regulares.