Actualmente, Ayú Prado desarrolla una investigación contra el ex presidente Ernesto Pérez Balladares por el delito de lavado de dinero. Ha fungido en los últimos años como ex fiscal contra el delito de propiedad intelectual; en el 2006, fue fiscal primero de Drogas; posteriormente, fue director de la Policía Técnica Judicial en el 2007 y de la Dirección de Investigación Judicial en el 2008.
En la Fiscalía Especializada contra el Crimen Organizada comenzó funciones en el 2009. Estas últimas designaciones fueron realizadas por la ex procuradora Ana Matilde Gómez.
Se conoce que Ayú Prado laboró durante la dictadura militar en la sección de Inteligencia, en las Fuerzas de Defensa.
Durante su estancia en la dirección de la DIJ, estuvo al frente de la captura del convicto colombiano David Murcia Guzmán, quien fue deportado hacia Colombia por agentes de ese país en el 2008.
Actualmente enfrenta dos denuncias penales presentada por la defensa de Murcia, por sustracción de documentos y abuso de autoridad.
El fiscal Ayú Prado logró desarticular una red de tráfico humano en el 2009, donde participaban funcionarios de entidades de seguridad, migratorias y del Registro Civil. El año pasado, descubrió otra red delincuencial internacional que falsificó 4 millones de dólares en Panamá. Instruyó el expediente del caso del narcotraficante Pablo Rayo Montaño, como del barco Perseus, donde está sindicado el ex director del Servicio Marítimo Nacional Ricardo Traad Porras.
Una de las capturas que logró la Fiscalía contra el Crimen Organizado fue la detención del empresario libanés Jean Figali, sindicado por lavado de activos producto del narcotráfico.