La ANAM y la Fundación Mar Vivadesarrollaron el "Protocolo de Actuación en las Operaciones de Control y Vigilancia", el cual contiene las directrices para los patrullajes en el Parque Nacional Coiba en conjunto con agentes de la Fuerza Pública.
Se trata de un documento donde se especifica la planificación de los patrullajes y demás actividades de control y vigilancia y se definen las responsabilidades que tienen los tripulantes de las embarcaciones durante dichas inspecciones.
El protocolo cuenta además con los modelos que se deben utilizar para elaborar los informes de inspección, en caso de retención, devolución al medio silvestre o desecho, entre otros, contiene la Ley 44 de 26 de julio de 2004 "Que crea el Parque Nacional Coiba y dicta otras disposiciones" y a Resolución AG-0118 y 724 "Por medio de la cual se establecen directrices operativas temporales sobre el otorgamiento de servicios de pesca dentro de los límites del Parque nacional Coiba".
