El día anterior, a las 5:30 p.m., con 42 marines a bordo, el USS Nashville echa anclas frente a la tranquila ciudad de Colón, sobre el Atlántico.
Cerca de la media noche, la cañonera colombiana Cartagena llegó también a la bahía, con cinco generales y el batallón Tiradores, conformado por unos 500 hombres. Había zarpado de Barranquilla, comandada por el general Juan B. Tobar con el encargo de sofocar una supuesta invasión nicaraguense.
A las 6:00 a.m. del martes 3 de noviembre, Manuel Amador Guerrero ya estaba recorriendo angustiado las calles con el estómago vaco, sin saber cómo impedir la deserción de los conspiradores. Herbert Prescott superintendente asistente de la Panama Railroad Company, le haba informado sobre el arribo del Cartagena. Amador rogaba que los Estados Unidos cumplieran su parte del trato y no permitieran el desembarco de las tropas colombianas. Sin embargo, a las 8:30 a.m. llegaron pésimas noticias de Colón.
Cuando amaneció, el coronel John Hubbard, comandante del Nashville, subió a bordo del Cartagena y entendió erróneamente que las tropas colombianas habían llegado para relevar del mando a la guarnición de Panamá. El comandante del Cartagena, el fornido general Juan B. Tobar, de 50 años, le dijo a Hubbard que pensaba desembarcar con sus soldados. Como no conozca su misión, Hubbard no puso ninguna objeción.
Se suponía que Hubbard no debía haberlos dejado pisar tierra. El presidente Roosevelt se había tomado el trabajo de enviar a dos oficiales de West Point para recopilar información de inteligencia con el objeto de impedir el desembarco de tropas colombianas. Además, el 1 de noviembre el secretario encargado de la Marina, Charles Darling, haba despachado órdenes de impedir que los soldados colombianos pisaran suelo panameño, pero era domingo y el cable an no le había llegado a Hubbard cuando subió a bordo del Cartagena. Por consiguiente, Hubbard permitió el desembarco en Colón de tres generales y 500 tiradores expertos colombianos, una fuerza con la cual tendrán que vérselas los revolucionarios.
Cuando los conspiradores de la ciudad de Panamá se enteraron, entraron en pánico. Tomás Arias, un acaudalado terrateniente, y varios otros recorrieron afanosamente las estrechas calles adoquinadas buscando a Amador. Lo encontraron deambulando por los callejones. Furiosos, le dijeron que no querían tener nada que ver con la revolución y regresaron a sus hogares.
Amador volvió a su casa y se acostó en la hamaca del patio interior. También el estaba dispuesto a abandonar la causa; la revolución había llegado a su fin. Cuando su esposa, Mara, lo vio, le orden que se levantara y prácticamente lo sacó de la hamaca de un empellón. "Hemos llegado demasiado lejos como para darnos por vencidos ahora. Con soldados o sin soldados, ?la lucha tiene que continuar!".
Amador se levantó a regañadientes. Con Mara a la vanguardia los dos salieron a las calles para convocar a los demás conspiradores a una reunión de emergencia en la casa del superintendente Herbert Prescott. Allá, Mara de Amador idea un plan para afrontar la angustiosa situación.
Primero, sugirió que se separara a los generales colombianos de sus tropas. El coronel James Shaler, que estaba encargado de la estación del ferrocarril en Colón, enviara a los generales por tren a la ciudad de Panamá, dejando en Colón a la tropa. Ya en Panamá se vera que hacer con los generales (uno de los planes era echar píldoras para dormir en su vino durante el almuerzo). Sin sus generales, los soldados podrían ser sobornados para que regresaran a Barranquilla.
En Colón, tan pronto el coronel James Shaler se enteró del desembarco de las tropas colombianas, asumió el control de la situación. Tenía un enorme prestigio como superintendente general de la Panamá Railroad Company, sobre todo porque muchos de los conspiradores, entre ellos Amador y Jos Agustín Arango, abogado de la Compañía, trabajaban para él. En la bodega de la estación del tren, un galpn de madera que más parecía un granero, el coronel Shaler impartió órdenes a sus empleados, dando alerta máxima para que protegieran los trenes. Le pidió a Porfirio Melndez comerciante que se haba comprometido a dirigir la revolución en Colón, que fuera a su oficina. Los dos acordaron dirigirse a los soldados colombianos, decirles que la situación en ciudad de Panamá era de total tranquilidad, e instarlos a embarcarse de nuevo y regresar a Barranquilla. Si los colombianos insistan en ir hasta la ciudad de Panamá, sólo permitiran que lo hicieran los generales; los revolucionarios se ocuparan de la tropa más tarde.
Mientras Shaler y Melndez discutan los planes, el Cartagena pasó amenazante a pocos metros del Nashville y atracó en el muelle. El general Tobar fue el primero en desembarcar, seguido por el general Ramón Amaya, el general Francisco Castro y el coronel Eliseo Torres. Varios oficiales de Colón aguardaban en el muelle para rendir honores militares, incluido el general Pedro Cuadras, el prefecto de Colón. Meléndez se acercó a los generales colombianos mientras pasaban revista al regimiento. Les dijo que el informe sobre la invasión nicaraguense era falso y que en la ciudad de Panamá reinaba la tranquilidad; los instó a embarcarse de nuevo y regresar a casa. Mientras conversaban, los interrumpió Jos Segundo Ruiz, capitán de puerto de la provincia de Bocas del Toro, en los límites caribeños con Costa Rica. El agitado Ruiz le dijo al general Tobar que el 10 de octubre el capitán de un barco noruego anclado en la baha de Almirante de Bocas le haba dicho que "sabía a ciencia cierta que se estaba planeando un movimiento separatista en Panamá y que los Estados Unidos lo favorecían abiertamente". El general Tobar llev a un lado al prefecto, el general Cuadras, y le preguntó sobre el rumor. Cuadras le dijo que no sabía nada sobre ningún movimiento revolucionario en Panamá o en Colón, pero Tobar no quedó muy convencido.
En la estación del ferrocarril el coronel Shaler se dio cuenta de que el general seguía preocupado y se apresuró a ir hasta el muelle. Le dijo a Tobar que el gobernador Jos de Obaldía aguardaba su arribo y que haba pedido que fuera de inmediato a la ciudad de Panamá. Agregó que haba dispuesto un tren de lujo especial para llevar a los oficiales, pero que tenían que partir de inmediato pues ya estaban retrasados según los planes.
Los generales Tovar, Amaya y Castro llegaron a la estación de ferrocarril de Ciudad de Panamá a las 11:30 esa mañana. Si abrigaban an alguna duda sobre la situación real de Panamá, se tranquilizaron al comprobar la entusiasta bienvenida que les dieron en la estación de tren. Una banda tocaba himnos patrióticos y docenas de niños y curiosos agitaban la bandera colombiana.
Mientras tanto, Amador les estaba diciendo a los conspiradores que la revolución tenía que hacerse esa misma tarde, en vez del 4 de noviembre, como se haba planeado originalmente.
Los generales se dirigieron entonces al cuartel de Chiriquí para inspeccionar el arsenal. Allí fueron capturados por ordenes del general Huertas.
El batallón Tiradores nunca llegó a Ciudad de Panama. El coronel Eliseo Torres aceptó 8.000 dólares por volverse con la tropa a Barranquilla, lo que hizo en el vapor Oninoco, fletado a la Royal Mail Steam Packet Co.
Poco antes de partir, el 5 de noviembre se embarcaron dos cajas de champaña para Torres, por cortesía del coronel Shaler. En altamar Torres se embriagó con la champaña y alarde ante sus hombres, diciéndoles que le habían dado ocho mil dólares y que con ellos pensaba ir a Jamaica. Sus hombres, molestos por los alardes, lo arrojaron por la borda y se repartieron el dinero. Por su parte, Tobar y los demás generales permanecieron en la nueva República hasta el 12 de noviembre, cuando se les dejó en libertad bajo la condición de que se marcharan de inmediato.
